2代目ワゴンRとして販売されていた時期は、1998年から2003年まででした。

軽自動車の規格が改定されましたのでそれにあわせてフルモデルチェンジをしています。

初代のワゴンRとコンセプトは同じですが、全体的に、初代のワゴンRと比べると丸みを帯びたフォルムになっているのが特徴です。

内装も少し違って、質感もアップしていますし、最小回転半径がさらに小さくなったりして改良が重ねられました。

初代モデルからフルモデルチェンジをした2代目になって、1998年に、累計生産台数が100万台を突破していました。

その翌月、1000台減手で、RR-Fを基本にしている本革でシートを作っていたり、ホワイトパールの塗装をした特別限定車が販売されました。

また二代目の途中で、燃料に圧縮天然ガスを使ったタイプも登場しています。

2000年にはインドでもワゴンRが販売開始となりましたし、同じく2000年に発売以来、はじめての、月刊販売台数が3万台を突破するという、快挙を成し遂げたのでした。